Chaque joueur possède deux cartes d'animaux indiquant le type et la quantité de terrain qui leur est nécessaire, cinq tuiles de terrains, et des cartes jocker. Lors d'un tour, on peut poser jusqu'à trois tuiles, placer un ou deux de ses animaux dans une région de forme libre constituée de blocs contigus du type de terrain approprié, et utiliser tout ou partie de ses jokers. La tuile de départ comporte deux blocs de chacun des quatre types de terrain : forêt, prairies, désert et eau. Le nombre de blocs de terrain nécessaires pour un animal est équivalent au nombre de points que l'on peut marquer en le plaçant. Lorsqu'il n'y a plus de tuiles, chaque joueur joue une dernière fois, puis perd des points pour chaque animal encore en main. Le joueur avec le score le plus élevé gagne.

Komodo peut être joué en mode compétitif soit en mode familial ou soit en mode stratégique. Dans le premier cas, les jockers sont obtenus au hasard, dans le second, les joueurs peuvent choisir leurs jockers. Les actions autorisées par un jocker sont : libérer des animaux afin de libérer leurs terrains ; le troc ou le vol de tuiles terrain ; remodelage de tuiles déjà placés, et forcer un échange d'animaux.

Dans la version coopérative de Komodo, tous les 32 animaux doivent être sauvés et chaque joueur doit placer au moins un animal pendant son tour. Le jeu se joue en montrant sa main, et les jockers permettent de corser les parties.