Dans Galapagos, les joueurs sont des biologistes qui suivent les traces de Charles Darwin, à l'origine des théories de l'évolution et de la sélection naturelle.

Ils partent en expédition dans les îles Galapagos pour dénicher des espèces rares et créer des collections qui leur permettront de marquer des points.

Le jeu est divisé en 12 tours, chacun divisé en deux phases:

1) des enchères pour choisir la direction et devenir le premier joueur

2) Jouer des cartes d'action et effectuer les actions correspondantes

Celles-ci peuvent permettre d'avancer sur la piste d'éducation (plus ou moins vite selon l'argent qu'on y consacre), de faire une expédition (qui permet de récupérer des jetons animaux), de vendre un animal pour se renflouer ou une exhibition (qui selon le nombre de jetons animaux différents en votre possession vous font gagner plus ou moins de points d'exhibition)...