Dans [Protocole Omega ] , un joueur prend le rôle du surveillant et deux / cinq autres joueurs prennent le rôle de l'équipe d'élite Special Ops.

Le rôle du surveillant dans le jeu est de contrôler tous les aliens et de défier les joueurs tout au long de la partie. Les joueurs essaient d'atteindre des objectifs sur la base de scénarios spécifiques en explorant une carte et tentent de repousser les hordes d'aliens que le Surveillant envoie sur leur chemin .

Les joueurs génèrent de l'"adrénaline" pour faire des actions telles que se déplacer, attaquer et effectuer des actions spéciales comme l'activation d'un objectif. Générer de l'adrénaline a aussi un effet négatif pour eux, puisque l'adrénaline est transférée vers le joueur Surveillant qui l'utilise alors pour faire apparaitre des aliens, créer de nouvelles menaces et amoindrir les chances de succès des soldats au cours du scénario.

Les personnages dans [ Protocole Omega ] sont représentées par des figurines et chaque Special Ops et chaque alien présents possède des caractéristiques différentes, des pouvoirs et des compétences et des équipements variés .